Teatr rozpoczął działalność jako Jeleniogórski Teatr Animacji w 1976 roku. W latach 1978–2001 działał pod nazwą Teatr Animacji. W latach 2002–2008 został połączony z Teatrem im. Norwida w Teatr Jeleniogórski (Scena Dramatyczna i Animacji) i właśnie jako Scena Animacji wystąpił na Malcie w 2005 roku.

Od 1 stycznia 2009 działa znów samodzielnie pod nazwą Zdrojowy Teatr Animacji. Ważną postacią dla tej instytucji był Janusz Ryl-Krystianowski - jeden z najważniejszych twórców teatru animacji i sztuki lalkarskiej w Polsce, swego czasu dyrektor Teatru Animacji, później dyrektor artystyczny Teatru Animacji w Poznaniu.